米国けんきゅうにっき 2010年03月
学位取得後、研究者として米国へ。このさきどのようなことが待ち受けているのでしょうか?
 日本では近畿大で日本化学会の春季年会が行われている模様。今回はMぽんが修論のネタで口頭発表するそうだ。座長がI教授ということで、彼女の所属大学の教授にいろいろと吹き込まれた模様だが、まあ心配しなさんなとコメントしておいた。しかし近大かぁ。ずいぶん昔の春年会で行った記憶があるなぁ。確か2回は行っているハズなんだが自信はない(^o^)!

 昨年のこの時期はユタのSalt Lakeで開催されたACSのNational Meetingに参加したなぁ。クルマでここから7時間かかった。途中の峠で雪に降られて立ち往生したわ。今年はSFで開催されているらしく、東海岸時代のボスから参加するのか聞かれたわ。まあ飛行機で行くほどではないので、今回はパスだということで。

 実験は予測通りの結果にならね~。まあだからサイエンスなんだが。そんな実験の合間にD論の残りのネタで論文を書けないか考えていた。いい加減学位を取ってから10年近くなるわけだが、放置され続けているのはちょっとすわりがよろしくない。もうここまで音沙汰が無いんならさぁ、もうどこでもいいから出しちゃえばいいじゃんって思うのよね。つーことで、イントロと実験項までは簡単にまとめてみた。でも久しぶりに錯体の論文を書いているといろいろとちがうな~とは思うね。

 それに関連して参考文献とか眺めていたのだが、そこでおもしろいとゆーか感慨深いものに出くわした。



 左のリンクは昔、扱っていた配位子(hydrotris(pyrazolyl)borate)の総説だ。2つのウチの左の方の本の著者がこの配位子を作ったヒトだ。まあ錯体をかじったことがあるひとなら誰でも知っているはずである。そしてワタシが東海岸で働いていた頃に隣のラボでよく深夜まで実験していたのも彼であった。(残念ながらその偉大な化学者は3年ほど前にこの世を去られたのだが......)その彼から左の著作、"Scorpionates"にサインをもらったのも良い思い出である。

 さて昨年に○工大時代のボスの一人が、その彼のためにある雑誌の記念号にワタシのD論のネタで論文を投稿するということになった。まあそれはめでたくアクセプトされもう出版されているのだが、そこの参考文献の一つにリンク右の書籍、"Scorpionates II"というのがリストアップされていた。ワタシは出版されていたのを知らなかったのだが、Amazonの試し読みをのぞいてみると、東海岸時代に合成した配位子が一節を割かれて紹介されているじゃん!まあそれはいいとして、2003年だったかな?このScorpionates配位子の35周年記念とかでNew OrleansでACS National Meetingに併せてシンポジウムがあったのだ。そのときのレセプションでの集合写真が掲載されていた。はは、オレ写ってるよ~、しかも超ムサいヒゲ面でさぁ。

 まあちょっと懐かしかったな。

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【2010/03/27 13:34】 | 研究
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 DQNネームというのがある。ご存じだろうか?簡単にいえば、親がとうてい読めないような名前を自分の子供につけることだ。イメージとしては暴走族が難しい漢字を当て字にしているようなやつ。でも以下のリンクのテストを受けてみれば、まだ暴走族の当て字の方が読めると思うはずだ。

DQN名前・読み取り試験

ちなみにワタシの最初のトライアル。

1.美衣(♂)
×(みい) ⇒ べーた
2.紗光結(♀)
×(みこと) ⇒ しゃくてぃ
3.紅甘(♀)
×(くみ) ⇒ がんま
4.詩羅純(♀)
×(ぽえむ) ⇒ しらす
5.覇琉孔(♂)
○(はるく)
6.萌絵輝(♀)
×(もえき) ⇒ めえてる
7.夢叶(♀)
×(かのん) ⇒ にこる
8.生竜(♂)
×(きりゅう) ⇒ うる
9.新星(♂)
×(ノヴァ) ⇒ ねお
10.星行(♀)
×(せいや) ⇒ きらり


今回のテスト結果は 1 点です。正しい日本語感覚を身に付けています。今後も、DQN色に染まらぬよう気を付けましょう。



よめるか!

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【2010/03/26 13:16】 | オモシロサイト
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 とは言っても全部、こぼしたわけではない。電子スペクトルを測定しているときに、タンパク質の入ったチューブを床に落としてしまったのら。ふたがあいたままでね。だいたい1/5を失ったみたい|||l_| ̄|○l||| なんだろ~ねぇ、不注意ってつもりもないんだが、手から滑り落ちたのでやっぱりそうなん?と思ったり。まあ自己嫌悪だわぁ。

 ただこの赤いタンパク質そのものはきれいにとれたみたいだ。一番最初に硫安沈殿をしてみたのが功を奏した感じ。でもどれくらいで析出するかわからなかったから、カンで青いタンパク質と同じ40%まで加えて上澄みを分離した。まあ不安だったんで一応、析出物もバッファに溶かして透析しておいたんだけどね。この操作のおかげで、以前ではどうも抽出しきれなかった赤いタンパク質を十分に液相に移すことができたようだ。

 基本的にワタシはプロテアーゼ(タンパク質を分解する酵素)阻害剤を入れないで精製するので、硫安沈殿後の上澄みの透析に時間をかけるのはあんまり好きではないのだがね。まあ今回は仕方がない。上澄みは飽和状態に近い塩濃度なわけだから、もしそのままクロマトグラフにかけたらイオン交換カラムを素通りしてしまう。透析を丁寧にして(5Lの低塩濃度バッファを4回交換した)から、陰イオン交換カラムに透析後の溶液をロード。ある塩濃度で出てきた赤いフラクションを透析して、今度は陽イオン交換カラムに通す。これはそのまま流れてきたヤツを分取して、ある程度濃縮した。これもまた透析してから、こんどはセラミック多孔質のカラムに流す。これはリニアグラジエント(徐々に塩濃度を上げていくこと)して、早いうちに出てくるフラクションを分取。最後にこれを十分に濃縮してからサイズエクスクルージョンで分離といった感じだ。SDS-PAGEは十分きれいに出ているのだが、正確な分子量を決めるために明日はJonathanに質量分析をお願いすることにした。

 この赤いタンパク質は酸化還元挙動を示すので、それぞれの状態の電子スペクトルを取っておく。どうも既報の赤いヤツとは微妙に精製方法やら電子スペクトルのピーク波長やらが違うので、とりあえずその文献に記載されているモル吸光係数は無視して、BCA法で見積もられるタンパク質濃度からモル吸光係数を導いた。まあ、質量分析の値をあとで考慮しなければならないんだけど、とりあえずだからSDS-PAGEで見積もられる分子量をここでは利用。

 う~ん、これだけではまだ報告されているタンパク質と同じモノかどーかわからんのだなぁ。あとはアミノ酸組成分析かアミノ酸配列分析をするか......(N末端側の配列は報告されているので)ただ今後のためにC末端側のアミノ酸配列も知りたいところ。というのは、上述の様に全部で4つのカラム、5つの精製ステップを経なければならないのはちょっとタイムコストが大きすぎるんよ。だから大腸菌の大量発現系を作れないかな~と思うのだな。JohnがN末端の情報とバクテリアの赤いタンパク質のアミノ酸相同性を元にいろいろとPCRで遺伝子をつり上げようとしてたけど、ずべてうまくいかなかったとか。だからC末端のアミノ酸配列情報がのどから手が出るほどほしいです。
 

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【2010/03/24 17:42】 | 研究
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cooyou
ありがとん。とりあえず原著の通りにやってみますわ。


こて
えーと、どういうわけかレシピが行方不明なんで確認できません。
確か今までにうちの部屋でやった人のレシピを参考にしたんで、同じでないかも知れません。
参考にする教科書によっても微妙に違うとか何とか。
あと、b型とc型で違う説もあるから、結局どの方法も万能ではないですね。
コントロールで他のヘムタンパクにも犠牲になってもらうのが良いのではないかと。


cooyou
タンパク質の量があれば原子吸光はやりたいところだね。

ところでピリジンヘモクロムは原著どおり(J. Biol. Chem 1942, 146, 605)?


こて
ヘムはうちではピリジンヘモクロム法ですわ。
まあ、単核って分かってたら、原子吸光が一番楽ちんな気がします。


cooyou
酸化還元タンパク質だからねぇ......たしかに指摘されているようにモル吸光係数は若干低め(すなわちタンパク質多め)になる。(Mouraの値を正しいとすれば)

ただBCAは還元剤存在で影響がでるから、redox中心が最高酸化状態ならその影響は緩和されるんではと思ったのよ。まあいずれにせよ何か別の方法を使わなきゃなぁ。


こて
むむ、確かヘムはBCAでやったらだめなのでは。


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 さて前々から少しずつ触れていたので、カンのいい人は気づいたかもしれない。そう米国永住権の申請をしているのだ。

 米国永住権、すなわちグリーンカード。いわゆる外国人の無期限滞在を認めるビザである。ご存じの方もおられるとは思うが、簡単に説明すると、米国に入国するためには原則、ビザが必要である。通常、旅行などでやってくる観光客はVisiting Waiver Program(VWP)というやつで入国できるのでビザは必要ないのだが(最近はESTAとかゆーやつで事前登録が必要なようだが)、最大で90日しか米国内に滞在できないうえに働くことは許可されていない。

 ワタシが米国に来たとき、すなわち2001年夏の時点では、ワタシのビザステータスはJ1であった。J1ビザとは交換留学生・研究者ビザ。F1ビザ、つまり学生ビザと同じくらい簡単に認可されるステータスで、主に米国外でPhDを取得した人物が米国に入国するのに利用されるビザだ。このビザならば米国で働くことを許可されている。(F1もたしか届ければアルバイトやteaching assistant、research assistantは可なはず......)

 ワタシの場合、J1ビザは3年分下りたので、このステータスでめいいっぱい滞在後にH1-Bビザに切り替えた。J1ビザの場合、しばしば問題になるのは”2年間のアメリカ国外生活条件”である。ワタシの場合はこの範疇に当てはまらなかったのでWaiverを申請する必要はなかった。この俗に言う”2年縛りのルール”はIAP-66やDS-2019にも明記されているのだが、その対象にあるかどうかはこの書類だけではわからないので、付属のインターナショナルオフィスに問い合わせるしかない。まあかな~りブラックボックスなのだが、昔、言われたのは、外国のファンドによるサポートでJ1ステータスを取得した場合はこのルールが適用されるとか。(詳しくは各自の状況に応じて、適切な機関に連絡すべし)まあ、そんなわけでワタシのH1-B申請は難なく認可された。たしか2ヶ月たらずだったと思う。

 その後は東海岸からモンタナに移る際にH1-Bのトランスファを行った。ちなみにH1-Bステータスは更新1回可能で最長6年有効となる。ただしこの6年とはどこで働いていようが、トータルで米国にH1-Bとして滞在できる期間である。たとえばワタシの場合、東海岸で半年間、H1-Bステータスであった。このあとモンタナに移っており、ココでの有効期間は5年と半年となる。

 そのH1-Bステータスが今年の5月31日で切れるということは昨年の初夏から懸念していた。そこで、移民専門の弁護士に相談し、第二優先枠(EB-2)の国益免除(National Interest Waiver, NIW)で申請するのが良いということになったわけだ。さてNIWとはなんなのか?簡単に言えばアメリカ合衆国に国益をもたらす人材に対して労働省が発行する労働許可証を免除するという申請である。この申請嘆願書であるI-140を本日提出したのである。

 このI-140嘆願書に伴いサポート書類を提出しなければならない。これがこのEB-2NIWの申請で最も大変なところである。これも簡単に言えば、自身が優れた人材であることを証明することが骨子である。ワタシの場合は、これまでパブリッシュされた論文すべての別刷りやそれらの論文の総引用数と引用した論文すべての要旨(これだけで50ページ超の書類!!)、引用されたという証拠、国内外で発表した学会のプロシーディング、招待講演を証明するインビテーションレター、ある雑誌の表紙デザイン、参加している学会、学位証明を用意した。そして最も重要である、ワタシの学者としての能力をサポートする6人の推薦人からの強力な推薦状。これが一番、大変だった......

 基本的に自分で推薦状のドラフトをおこし、推敲に推敲を重ねてから推薦人に送る。これを推薦人が読んで問題なければ、署名付きでこちらに送ってくる。これらをNIWのサポート書類としたわけだ。なにが大変だったかといえば、何しろ自分を褒めちぎらなければならないこと。そして、具体的に何が米国にとって国益になるかを明確に記述しなければならないことだ。これらの作成に6ヶ月くらいかかったかな?しかも6通がすべて異なる文面でなければならないとゆーのも、6ヶ月かかった理由だろう。

 そーいうわけで、昨年の6月から始めたI-140嘆願書類の作成は今日をもって一区切りがついた形となる。ほぼ9ヶ月かかったことになるね。今は移民局からの受領書が送付されているのを待っている状態。これを受け取り次第、ただちに永住権の申請であるAdjustment of Statusに移行する。

 まあ、何にせよ時間とお金、労力のかかる作業であるわな。

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【2010/03/22 11:49】 | 移民ビザ
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cooyou
t-macさん、コメントありがとうございます。

H1-B延長の話はちょっと気になっていたので、大学インターナショナルオフィスのHビザ担当に尋ねてみたのですが......というかEAD/Advanced Parole申請とH1-Bの延長の長所や欠点を聞いてみたのですが、なんだかこっちにとってはあんまり変わらないような感じでした。ただ雇用側はH1-Bの延長はあんまり気乗りではないでしょうね(お金がかかるから)。

弁護士の方はI-485を提出すればH1-B延長のeligibilityが得られるとのみ言っていましたけど、どうなんでしょう。隣のインド人はH1-Bは切れていてEADで働いてますね(彼もまだGCが届いてないそうです)。だから基本的に今はあんまり気にしていません。ワタシもI-140とI-485、EADにAdvanced Paroleを同時に申請するので。

なにはともあれ、結構な数の日本人研究者の方がEB-2 NIWを申請されているということですので、心強い限りです。

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 また引き続きパソコンのお話。2年ほど前のエントリで取り上げたNVIDIA vs. ATI(AMD)のGPU戦争の現状だ。

 昨年の秋頃にATIはRadeon HD5xxxシリーズを発表。その最上位チップであるHD5870(コードネーム、Cypress)はWindows7の新APIであるDirectX11に完全対応する世界で最初のGPUとなった。これは全世代のHD4870に搭載されていたSheder Processor800基を倍にするなどの拡張を施したHD4シリーズの大幅な進化版であり、単精度で最大2.7TFlopsの演算性能を誇るとされていた。

 一方のNVIDIAは、ATIの新GPUに対抗するべくコードネームFermi(NVIDIAの最近のチップコードネームは有名な物理学者の名前をつける傾向があるらしく、前世代はTeslaだった)とよばれるGPUの存在を明らかにしていたのだが、開発が難航していたらしく、Radeon HD5870の発表に対抗して実機公開はできなかったのである。

 そんなNVIDIAであるが、ギークたちの間ではちょっとした祭りになっている。まあ、元はといえば2008年半ばに発覚したダイ・パッケージンク素材への不純物混入による熱暴走の可能性とその後のNVIDIAの対応の悪さから始まっているんだけどね。それが尾を引いているのか、このFermiアーキテクチャーのアナウンスがされるも、現物が出てこないとゆー状況であった。さすがにコレはマズいと思ったのかNVIDIAはとんでもないことをやらかしてくれたのである。

 まずFermiアーキテクチャーそのものはある意味、現時点でGPGPU(General Purpose Graphic Processing Unit)という用途には理想的なものらしい。だから彼らが推進しているCUDA実行環境としてはすばらしいものになるハズであった。ちなみにCUDAとはGPU用のC言語総合環境のことらしいが、NVIDIAとしてはこれを足がかりとしてGPUいよる物理演算を促進させていこうという考えがあったのだ(だから今回のアーキテクチャー名もイタリアの物理学者、エンリコ・フェルミ博士にちなんでいる)

 ではとんでもないこととはなにか?ココのCEO、ジェン・スン・フアン氏の鶴の一声かどうかしらないが、適当なビデオカードを一部、切断したモノをFermiコアをもつGPUを搭載したビデオカードだと発表したのだ。まあ、モックモデルを公表するのはわからんでもないが、少なくとも発表するに当たりきれいに仕上げるのが常識であろう。この常識をいとも簡単に打ち破ってくれたワケ。発表の翌日には直ちにその切断面の写真やら画像解析などがネットを賑わせる始末となった。

 さて次にNVIDIAにとっての悪い噂が米国オークリッジ国立研究所のスパコンに採用されるはずだったFermiチップがキャンセルされるというもの。これはちゃんとしたソースが見つけられなかったのだが、Fermiの歩留まりがよろしくないとか発熱量が半端じゃないとかいう噂に密接に関連している。

 上述の噂を裏付ける様に、新年早々のFermiチップの実働デモの様子が公開された。なんか強力な水冷ユニットを搭載しているのに、そのマシンに近づくと熱気を体感できるというもの。だんだんヤヴァさに実感がわいてくるのだ。

 そして2月23日のことある。その前日か前々日くらいからTwitterやらNVIDIAのFacebookアカウント(まあTwitterと連動しているから当然か)で、23日のその日に何か重大な発表があるみたいな、思わせぶりなバナーを公開。しかしこれは3月26日にBostonで開催されるイベントでFermi搭載チップのビデオカードを発表するよという予告の予告であった。これをうけてネット(主に確認したのは2ちゃんねるの自作版)ではキレ気味の書き込みが多数......

 そしてそして極めつけが最新ドライバの更新だ。Forceware196.75を既存のGeForceビデオカードを搭載したシステムにインストールすると、ビデオカードの冷却ファンが止まってしまい、ビデオチップを焼き焦がしてしまう(!)というやつ。この事件の悪質なのが、日本の主要なITメディアはほとんどそれを報じていなかったのだ。2ちゃんねるでは被害者が焼け焦げた無残なビデオカードの写真をアップするなど、文字通り炎上していた。これの補償問題とかどーなるんだろうかと思いつつも、まあこの年末年始にいろいろとNVIDIAは話題を提供してくれたわけである。

 さて現在、GeForce GTX480 & 470(Fermiアーキテクチャのチップをもつビデオカード)の発表があと2週間足らずとなったわけである。ちなみに現在のGeForceのラインナップは混沌を極めており、何を買えば最新のチップ搭載カードなのかよくわからない状態になっている。というのはNVIDIAが古いチップを利用したカードに新しい名前を付けて販売しているためだ。(これをNRT、NVIDIA Rename Technologyというらしい......)

 こんなこともあってか、NVIDIAはATIに対抗できるようなというか対抗できそうな体制になっていないようだ。最後に2ちゃんねるの葬儀スレで見かけたアスキーアートを紹介しよう。ちょっと笑ってしまったのと同時にこたつの消費電力を調べてしまいました。

        ├─────────────────────────┐
電気ストーブ.│                 1200W                 |
        ├─────────────────────────┘
        ├────────────┐
こたつ..   |      600W        .|
        ├────────────┘
        ├───┐
GTX480  │ 298W..│
        ├───┘
        │
グラフからGTX480がずば抜けて省電力・低発熱という印象を受ける
性能ももちろん十分(暖房としては若干力不足の感は否めないが)と言える
本年度イチオシの定番ビデオカードと言えるだろう。自信を持ってお勧めしたい
なお、Radeonは強くアピールできるほど目立った結果が出なかったため割愛した


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【2010/03/15 08:58】 | コンピュータ
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 今日から夏時間だ。でも外は雪が積もってた。昨夜は降ってたからなぁ。

 さて前エントリの”メモリの有効利用”でちょこっと触れたeBoostrだが、これはVistaのReadyBoostとSuperFetchなどに類似した機能をXPに導入することができるユーティリティだ。当然、Windows7にも導入されている機能なので、ワタシのWin7機でも有効に利用させていただいている。まあ具体的には適当なUSBメモリを空いているUSBポートに差し込んで、デバイスがマイコンピュータ上で認識されたら右クリックでプロパティを開いてReadyBoostオプションを有効にすればよい。まあ大容量の主メモリを搭載していればSuperFetchのキャッシュを貯め込める余裕がそこにできるので、ReadyBoostを利用するまでもないのだが、まあプラシーボのようなものだ。

 Win7は64bitゆえ搭載されている物理メモリの4GBにはOS管理外領域がない。だからわざわざRAMディスクを構築するのは本末転倒なのだが、前回から話題にしている32bit版XPには750MBほどの管理外領域ができてしまうわけだ。それをRAMディスクにしようというのが、前回のエントリの骨子である。(ただし、管理外領域のRAMディスクの構築によりシステムが不安定になる可能性があることを理解したうえで、自己責任で導入してほしい

 前置きが長くなったが、32bitOSでSuperFetchが有効の場合、主メモリ領域はどうがんばっても3.3~3.5GBで大量のキャッシュを格納するためにはReadyBoostで構築された遅いデバイス(たとえばUSBメモリ)に頼らなければならない。だからもしReadyBoostに主メモリと同等のアクセス速度をもつデバイスを割り当てることができれば、相当な高速化が期待できるわけだ。そこで前回から語っているRAMディスクの登場というわけである。

 先ほども触れたがeBoostrはXPでVista/Windows7系のOSで標準装備のSuperFetchとReadyBoost様の機能を提供するシェアウェアである。ただし試用版ではフル機能が起動から4時間分しか利用できない。(再起動すればこの4時間はリセットされる)導入はいたって簡単で、ココからインストーラをダウンロードしてきて、指示に従ってインストールするだけだ。

eBst_SS01.jpgeBst_SS02.jpgeBst_SS03.jpg
まずはインストール後の再起動で登録画面がでるこれがコントロール画面キャッシュの除外ファイルリストも作成できる


 上の真ん中のSSにあるWindow右下の追加ボタンでキャッシュ保存用デバイスを定義できる。このSSはカードリーダーにささっているSDカードになっているが、当然、前回、構築したRAMディスクも追加できる。デバイスを追加した後にキャッシュの構築ボタンをクリックすることで、キャッシュの構築が始まり、SuperFetch様の機能が利用可能となるわけだ。で、あとはフツーにアプリなどを使っていればeBoostrがユーザーの使用傾向を学習し、格納したキャッシュに優先順位を付ける。で、該当アプリが起動するときはHDDからではなく格納されたキャッシュを読み出して起動するためHDD読み出しにくらべて十分に速くなるという感じだ。

 SSではSDカードを利用したが、RAMディスクを利用した場合は圧倒的に高速になった。問題はRAMディスクは750MBしかないため、eBoostrの推奨容量である1GBにちょっと足りないこと。まあメモリを増設するというのも手だが、なんだこれも本末転倒だよね。だからSSのように余ったSDカードを利用している。

 もちろんRAMディスクとSDカードをキャッシュ用デバイスとして並列利用できるのだが、ワタシの環境ではFirefoxのディスクキャッシュ(前エントリ参照)が効かなくなってしまったのであきらめた。

 まだ長時間試しているわけではないのではっきりとはいえないのだが、たしかにRAMディスクを利用した場合は高速化を体感できたので、なにかしらの寄与はあるのだと思う。気になるヒトはお試しアレ。




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【2010/03/14 10:47】 | コンピュータ
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 なんのお話かといえば、この間、起動しなくなったXP機について、ってゆーかXP全般のチューニングについてだな。以前のエントリでDellのMini9のチューニングについて触れたことがあるのだが、それと似たようなことをデスクトップ機にも施そうと考えたわけだ。

 現在、自宅でメインに使われているWindows7機は4GBの実装メモリを持つ。そしてこいつは64bit版のOSなのでこの実装メモリは無駄なく使われている。しかし、普段から愛用していたXPは32bit版であり、このPCに4GBのメモリを実装しても32bit版XPは3.2~3.5GB分しか認識せず無駄になる領域が生じる。これがOS管理外メモリ領域だ。今回はこれをどうにか利用してみようと思う。

 OS上からは認識されない領域であるため、当然、何らかのユーティリティを利用しなければならないのだが、今回はRAM Diskとして利用することにする。ココにRAM Diskの概要が書かれているが、今回のお題はソフトウェアレベルでのRAM Diskだ。もちろん金に糸目をつけなければGigabyteが発売していたi-RAMやACardのANS-9010などのハードウェアレベルのRAM Diskも非常に魅力的なのであるが、ここでのOS管理外の余ったメモリを利用するという趣旨にそぐわないので割愛する。

VSuite_SS01.jpg さてそのユーティリティだがいろいろある。特に無料で利用できるものをあげると、それこそMini9にインストールしたERAMGavotte RamdiskFreeRAMDiskなどがあるが、今回はVSuite Ramdiskを紹介しよう。
 このVSuite Ramdiskの利点は、OSの終了時にRAMdisk上のデータをHDDに書き込む機能を持つ点が挙げられる。通常、RAMDiskは物理メモリ上に構築されるので、その性格上、電源が切れるとメモリ内容は消去されてしまうのだが、こういったVSuite Ramdiskの機能によって内容の消去を回避できるわけだ。ただその反面、OS終了時にHDDへの書き込みが生じるため、RAMdiskの容量にもよるが、OSの終了に時間がかかることもある。

 では具体的にはRAMdiskには何を置けばよいの?という話になるのだが、いちばん有効なのはブラウザのキャッシュを置くことだろう。実際、ワタシの環境ではFirefoxの速度が劇的に向上した気がする。ほかには仮想メモリのページファイル(物理メモリを大量に積むことができなかった時代、足りない分のメモリ領域をHDDで代替させること。当然、速度は物理メモリにくらべて遙かに遅くなる)を置くとかもアリかな?あとはOSが利用するテンポラリファイル(通常はC:\Documents and Settings\ユーザー名\Local Settings\Tempにある。ただし、不可視フォルダを見えるようにしないと見つからないよ~)だろうか。ただ個人的にはこれは高速化に寄与しないような気がする。まあ、放置すれば肥大化するので、RAMdiskに放り込んでおいてOS終了時にRAMdisk内のファイルを保存しないようにすれば、OS再起動のたびにきれいさっぱりなくなるので、便利ちゃ便利なんだが......なんらかのアプリをインストールするときにインストーラーが展開するファイルのサイズがRAMdiskの容量を超えてしまう場合、ちゃんとインストールできないという事態に陥るので微妙だと思うよ。だからテンポラリファイルは定期的にCCleanerとか手動とかで消去する方がいいような気がするが、まあその辺は個人の性格によるかな~。

 ではVSuite Ramdiskの導入について。ちなみに、もしかしたらシステムが不安定になることがあるので、データのバックアップはしっかり取ってくれ。それと、常用にたえない様だったら、ムリせずアンインストールすること。以上を理解した上で以下の作業を参考にしてくれ。なにかあってもこちらは責任をとれないのでね。まず、インストーラをこのへんからダウンロードしてくる。どのエディションを選ぶかは自分の使い方によるので自分で適宜、考えてくれ。ただStandard以上はDirect IOディスクを選べるようになるので、さらに高速化できるようだ。(詳細はサイトに書かれている)それとDirect IOモードではVista以上のOSを使っている場合、ReadyBoostが利用できないと書かれている。これは後述するeBoostrにも適用されるのかよくわからないのだが、SCSIディスクでも十分に速いと感じるので、少なくともワタシの使い方では無料版で十分だ。

VSuite_SS02.jpgVSuite_SS03.jpgVSuite_SS04.jpg
今回はOS管理外メモリを利用したいということなのでチェックするあと日本語化もされているので、プルダウンメニューで変更可能イメージファイルを有効化および管理外メモリの使用もチェック

 上のSSのように、まず左のペイン(ウィンドウの左端の区画)にあるオプションをクリックすると言語の選択と管理外メモリの有効化ができる。特にワタシの場合は物理メモリが4GBであるにもかかわらず3.3GBしか認識していないため、残りの部分が管理外領域となる。まあ、このアプリは賢いコなので管理外メモリ領域が764MBと表示されている。

 このOS管理外物理メモリの有効化にチェックを入れてから、左ペインのRAMディスクをクリックすると上の右端のSSの画面になる。まずドライブレターは自動選択できるが固定化しておいた方が気分的に落ち着くので、ここではZを指定。まあ後ろのほうのアルファベットをチョイスしておいたほうが無難であろう。ファイルシステムはワタシはNTFSにしたけどFAT32でもいける。この辺は個人の判断にまかせるわ。ボリュームラベルは自分で付けられるけど、ここではデフォルトのままにした、ってゆーか、変えられるのを気がつかなかっただけなんだけどね。

 ここから重要。まず一番下のOS管理外メモリの使用にチェックをいれる。そうするとディスクサイズを決められるで、ここでは764MB以下の値を上のディスクサイズのところに入力する。まあ全部使いたいところだが、ワタシの環境では微妙にOSが不安定になった気がしたので、若干少なめの750MBとした。あとはイメージファイルの有効化をチェックして、コンピュータのシャットダウン時に保存にもチェックを入れる。ちなみにこの2つのチェックはFirefoxなどのブラウザのキャッシュを置くだけならば、なくてもよいと思う。ワタシはeBoostrをインストールしてみることにしたので、このOS終了時のRAMdisk内のファイルのHDDへの書き出しを有効にしておいた。保存場所は自分で適当な場所を決めておく必要があるので、それを右端の...ボタンをクリックすることで定義できる。名前はまあ適当に。以上で再起動。

 再起動するとマイコンピュータ内にZのドライブレターをもつデバイスが生成される。これがRAMディスクだ。これはOS上ではフツーのHDDのように見えるのだが、実際にはOSが認識できない物理メモリをHDDみたいに見せているワケ。だからこのドライブのアクセス速度はHDDやUSBメモリなんかよりも遙かに高速である。

 ワタシの場合、まずここにFirefoxのディスクキャッシュを置くことにした。やり方はまず、ブラウザのwwwを入力する場所に"about:config"といれてえんたー!ブラウザには警告が出るが、ダイジョーブョというボタンを押すと大量の何かのリストが表示されるハズ。ここでリストのいちばん上にあるFilter:というところに"browser.cache.disk.parent_directory"と入力してやると、もしその文字列があれば表示される。なければリスト内で右クリックして新規のところの、文字列を選んで"browser.cache.disk.parent_directory"と入力する。続いて、値をRAMディスクのある場所に指定してやる。ここでは"Z:\\"ってな具合にね。そうしてFirefoxを再起動すれば、速くなった気がしない?

 ちと長くなったので、続きは次回のエントリで。
 

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【2010/03/13 12:02】 | コンピュータ
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 先日のエントリでワクチンを接種しなければならないらしい、という話があった。その続きね。

 結局、予約を入れたGallatin Health Serviceには行ってきたのだが、そこの看護士さんは何を接種すべきなのかは、まず主治医と相談しましょう、ということになった。

 そういうわけで、隣町にある医者に予約の電話を入れると、まずワタシの場合はツベルクリン反応を見て、血液検査するから、直ちにダウンタウンにあるMedical Labに行きなさいとのこと。そこは救急病院の一角にあるWalk-inの健康診断センター(みたいな)ところだった。ワタシはそこで早速、ツベルクリン反応(小学校以来!)をして、血を抜かれたあと、2日後に来てくれと言われた。

 ところで、日本人はたいていツベルクリン反応は陽性になるんだとか。それこそ検索すればそんなことはゴマンとネットに転がっているのだが、ツベルクリン反応は結核(Tuberculosis)のテスト方法の一つ。日本ではこれが陰性の場合、結核に対する抗体がないということで、BCG抗体を接種することになる。(ホラ、あの判子型の筒上の物体に9つほどの針があるやつ。たぶん肩にその痕があるはず。ワタシも運良く残ってた小学校の健康診断書を見ると確かにBCGを接種していたのだ。)しかし、ここ米国ではツベルクリン反応が陽性だと、ただちに胸部レントゲンを取りにいかなければならない。これは結核患者の可能性があり、そうでないことを証明するためである。また、さらにイソニアジトを処方されてそれを数ヶ月ほどの飲まなければならないのだとか......これはF1ビザで留学する学生さんも義務らしく、日本人留学生はことごとくこのツベルクリンテストで引っかかり、レントゲンと処方を受けることとなる。(おもしろいのはJ1ビザでポスドクで入国すると、そんなことはまったく聞かれなかった)

 さて、ワタシのケース。なんとツベルクリン陰性であった。確かに赤い斑点はできたのだが、ふくらんでいないということで、陰性と判断された。(BCGも受けたのに!?)まあ、おかげさまでレントゲンとか必要なくなったのは良かったんだけどね。たまに日本人でも陰性の人がいるんだとかいうことで、今回はある意味ラッキーだったとゆーことで。


 この後、医者の処に行くと、基本的には健康なんだそうな。一応、日本の保健所で発行してもらった英語版のワクチン接種履歴を持って行ったのだが、その医者の見解ではMMR三混合ワクチン(麻疹、おたふく風邪、風疹)とジフテリア・百日せき・破傷風混合ワクチンを受けるようにいわれ、その場で接種した。理由はすでに30年以上経過しているためだそーな。(まあ、その話を聞いて親はちょっと怒ってたけどね。アメリカの薬は日本人にとって強いのが多いので、副作用を懸念してた)

 その副作用なのだが、たしかにありました。2日ほど背中が痛くなって寝返りをうつたびに目が覚めるのだ。そう、ぎっくり腰(むかしなったことがある)の痛みに近いね。でも、2日でウソみたいに痛みは治まったので、まさに副作用だったのだろうと思ってる。確証はないけどね。

 そんなわけでワクチン接種は無事に済んだのであった。

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【2010/03/10 12:31】 | 移民ビザ
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 今日は朝から青いタンパク質の精製。

 先々週のボスとの議論で、どうやらある還元剤が電気化学実験において阻害作用を与えているのではという仮説に至った。たしかにいくつかの兆候はあったのだ。この青いタンパク質と触媒量の酵素を電気化学セルに入れて基質を導入した状態で電気化学測定をすると、大きな電流値が観測される。しかしこれに上述の還元剤を加えると電流値が激減するのだ。

 さてなんでこんなことをやっているのか?というのは、この間リジェクトを喰らった論文に対するレフリーのコメントで活性化された酵素を使わないのはなぜよ?とゆーものがあった。活性化の手法自体はすでに既報なので、たしかにこのコメントはリーズナブル。しか~し、そのコメントに回答するために、この酵素を活性化して上記と同様の電気化学測定を行っても、大きな電流値が観測されないのである。

 その原因をボスと議論していたわけ。この酵素を活性化するためにこの還元剤を加えるのだが、当然、PD-10カラム(Sephadex G25)で過剰量の還元剤を除去してから同様の電気化学実験を行う。しかし結果は上のパラグラフに書いたとおり。つーことは、可能性の一つとして還元剤が非常に強く酵素と結合しているため、PD-10では除去しきれず電気化学実験にも影響を与えるのではないだろーか?と。そーいうわけでその還元剤の濃度と阻害作用の相関を調べることになったのである。その矢先に下の階のサイクリックボルタモグラフィー(電気化学測定装置)がぶっ壊れた。まあちょっとは気楽にいけよとゆー天の声なんだろーか......


 ああちなみに上の酵素の活性化は当然、嫌気下で作業しなければならない。話はちょっと前後するのだが、私は元々は合成系の研究をしていた。だから嫌気下での作業には慣れている。おもしろいのは日本ではシュレンク管という特殊なガラス器具で作業していたのだが、ここ米国ではグローブボックスという不活性ガス(主に窒素、たまにアルゴン)を充填したグローブ付きの箱の中で作業を行う。まあ文化の差かね?

 さらにおもしろいのは合成用のグローブボックスと生化学用のそれはちょっと違うのだ。前者は窒素あるいはアルゴンガスを触媒管で循環させて水分および残留酸素を除去する。だから触媒には酸化銅の粉末層をモレキュラーシーヴ層でサンドイッチ状態に充填されたものが使われる。ある程度、不活性ガスが循環すると当然、触媒は失活してしまうので、これを再生するために触媒管をグローブボックス内雰囲気から分離し、触媒内に低濃度の水素ガスを導入、温度を上昇させて活性化するわけ。これで余計な吸着した触媒上の溶媒やら酸化皮膜を除去することができる。

 一方、生化学用のグローブボックスは約3%の水素ガスが常に内部雰囲気に含まれている。ここにパラジウムとモレキュラーシーヴを触媒として導入しており、酸素が入ると内部雰囲気の水素とパラジウム触媒が反応して水分子になるわけ。気になるのはではなぜモレキュラーシーヴが必要なのかだが、これは雰囲気中の余剰水蒸気を除くためと理解している。(だってタンパク質とか緩衝溶液に溶けてるし~)

 まあこの生化学用グローブボックス内で活性化された酵素を分離するわけだ。カラムには当然、脱気した緩衝液を流すし、各緩衝溶液には場合によってはグルコースを入れておき、グルコースオキシダーゼとカタラーゼを導入して溶存酸素を除去する。まあ合成系とは別世界だな。でも笑気ガスはピロガロールのアルカリ性溶液で洗浄してから使っているから、この辺は合成の知識。

 そんなわけで、ちょっと実験の進捗状況はよろしくないねん。

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【2010/03/09 08:27】 | 研究
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cooyou
ここでは詳しく書かなかったけど、定常状態における吸光度変化は測定してあり、ちゃんとターンオーヴァーが回ることは確認してあります。

その上で、そのターンオーヴァーが反映されるはずの電流値が観測されないということで困ってます(´・ω・`;)ハァー・・・

まあ本文でも書いたように、なんらかの阻害作用があると考えるのが理にかなっているのではということで、その確認を行おうとした矢先にCVが壊れてしまいましたil||li _| ̄|○ il||li


こて
へー。
電流値が下がるってことは、単純にターンオーバーが遅くなってるってことですよね。
うちでやったときは、活性化したやつやと遅いってのは聞いたこと無い気がします。
うちでは定常状態の吸光度変化を追いかけたんで、その辺の違いかもしれませんが。

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 ALICE6ってゆーのは自宅のXP機のPC名ね。そいつが先々週くらいの定例Windows Update直後に起動しなくなった。具体的にはデバイスシークエンス後にブルースクリーンを出しやがるのです。まあもともとすでに挙動不審なところはあったんだけどね......モンタナにきてから建造したので、だいたい4年くらいかな?スペック的にはもうかなり時代遅れなのだが、実用には十分に足りたので自宅でのデータ整理とか論文書き書きとかには重宝していたのだ。

 この機会にやはり不安定でしばしばブルースクリーンを吐き出すWin7機にてこ入れをすることにした。XP機の使用可能なパーツ、具体的にはメモリとCPUをWin7機に移植することにした。XP機の方はおそらくマザボが死んだっぽい(正確にはマザボはまだ稼働するだろうけど、コンデンサとかがたぶんヤヴァいのだろう、いやもしかしたら電源かもしれないけどね)ので、それ以外のパーツは保存して、いつかマザボとCPUを調達する際に復活させる。実はXP機はいまだ私の環境では必要なのだ。特に今回、大量の印刷物を作らなければならなかったのだが、Win7では手持ちのモノクロレーザーのドライバが提供されていないのでちょっと苦労した。(またWin7機のAthlonは仮想化が対応していないためXP modeが利用できない)

 Win7機の不安定の原因はわかっていた。メモリだ。マザボには2種類のブランドのメモリが混在している。フツー、そんなことでは不安定にはならんのだけど、まあこれも相性なんだろうね。だからXP機にささっていたメモリとあやしい方のメモリと交換したところ、見違えるように安定化した。つーか、そもそもこのwin7機DDR400がささっていたのにDDR200相当の速度しか出ていなかったのだが、このメモリ交換をしたおかげで400MHz相当の速度になったので予測は的中だ。

 CPUもAthlon64 2xの3800+から4200+に交換したので、ちょっとしたパフォーマンス向上も期待できる。ちなみに両者の違いは周波数と2次キャッシュ容量らしい。まあともかく、恒例のベンチをとってみた。どちらもWindows7 Home Premium 64bitバージョン、GPUはMSIのAMD Radeon HD3870 overclock editionだ。

PC NameALICE7RALICE7
CPUAMD Athlon64 2x 4200+AMD Athlon64 2x 3800+
memory4GB (400MHz相当)3GB (200MHz相当)
Windows7 Indexprocessor4.94.8
RAM5.04.8
Graphics7.07.0
gaming7.07.0
Primay HDD5.95.9
CINEBenchOPEN GL11.89(64) fpsNA
CPU1.0 ptsNA
ゆめりあ(それなり)43723(303)25328(168)
FFXI bench (high)4985(19)3269(14)
3DMark6total75446492
SM2.033172645
SM3.039393661
CPU15471299

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【2010/03/08 21:18】 | コンピュータ
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Bryce2009_01.jpg 昨年の10月半ばにZion国立公園に行って来たことはこのエントリーで述べた。実わそのついでにBryce Canyon国立公園にも足を延ばしたので、ここで紹介しよう。

 Bryce Canyon国立公園はZion国立公園からはクルマで約1時間半ほどの場所にある。アメリカンスケールで言うならばごく近所といって差し支えないだろう。この道すがらDixie国立森林公園という保護地区を通っていくのだが、ここもまた時間があれば見所満載のところなのだろう。まあ時間も限られていたので、速やかに通過した。

 さてBryce Canyon国立公園とはどんなところなのだろうか?興味のある方は上のリンクをたどっていただければよいのだが、一言で言うならば、”大規模な奇岩群”かな? Zion国立公園とはその光景は大きく異なる。赤みを帯びた数多くの尖塔のような岩石群が眼下に一面に広がっており、訪れる時期や時間によってその風貌は多彩だ。

Bryce2009_02.jpgBryce2009_03.jpgBryce2009_04.jpg
Bryce Pointからみたその光景は圧巻遠くには"沈みゆく船"が
Bryce_sunset.jpg
Sunset Pointからの眺め


 園内に入ると直ちに"Fairyland Point"、"Sunrise Point"、"Sunset Point"、"Inspiration Point"、"Bryce Point"と代表的な展望台に行くことができる。またこれらは尖塔のたもとを縦横無尽に進むトレイルの入り口でもあるのだ。

 とりあえずはクルマでいけるところを攻めてみよう。公園の南端にある"Rainbow Point"から徐々に北上して再び、ここに戻ってくることにした。

Bryce_rainbow_view_02.jpgBryce2009_05.jpg
Rainbow Pointからのパノラマ途中にあるNatural Bridge


途中で立ち寄った"Natural Bridge"はちょっとびっくり。展望台のすぐそばにそれはあるのだ。だからなのだろう、この時期にしてはたくさんの人だかりができていた。

 さてさて、お次はSunset PointからNavajo Loop Trailを歩いてみた。そうあの遠くから眺めていた尖塔群のたもとを歩くのである。

Bryce2009_Wstreet01.jpgBryce2009_Wstreet02.jpgBryce2009_Wstreet03.jpg
底の方は光があんまり届かないこーやってずんずん降りていく見上げると九十九折り
Bryce2009_Wstreet04.jpgBryce2009_Wstreet05.jpgBryce2009_Wstreet07.jpg
かなり大規模な下りであるほぼ谷底木なんか生えたりしてる


 上の写真はNavajo Trailの見せ場の一つ、"Wall Street"だ。一番底にたどり着くと両端の巨大な岩石によってとっても圧迫感を感じる。しかしこの閉塞感と静寂感はちょっとした異世界を堪能できて心地よい。まあなにはともあれ、こんだけ下ってきたのだから、当然、のぼらなけりゃならんわな。はっきり言って個人的には結構、キツかったですわ......

Bryce2009_3Sisters.jpgBryce2009_Thor.jpgBryce2009_Tbridge.jpg
Three Sistersという岩Thor's HammerTwin Bridge
Bryce2009_Thor_shadow.jpgBryce2009_Thor_3Sisters.jpg
雷神トールの鎚のシルエット三姉妹と雷神の鎚、センチネルが一緒に写ってる


 こんな感じでBryce Canyonは上から眺める光景とは全く別の空間が谷底に広がっている。もっとその異世界を堪能するために縦横無尽に歩き回りたかったのだが、時間の都合でそれは無理だった。だから個人的には再び訪れたい場所かな?少なくともZionよりも高所がないので、アクロフォビア(高所恐怖症)の気があるヒトにもオススメだ。

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【2010/03/07 20:29】 | 国立公園めぐり
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