米国けんきゅうにっき 2013年08月
学位取得後、研究者として米国へ。このさきどのようなことが待ち受けているのでしょうか?
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 昨日は同僚の結婚式に参加。教会で午後3時からセレモニーが始まり、その後はBrairwoodのヒルトンインでレセプション。なんかアルコールナシなのに疲れたなぁ...まあでも久しぶりにバイブルスタディのメンバーに会うことができたし、それなりに楽しかったのである。


 出かけるときに、久しぶりのネクタイを縛ることに気がついてちょっと焦った。やり方をすっかり忘れてたのである。ここにいるとほとんどタイなんてつけないからなぁ。シャツは薄手のオレンジと赤い単色のネクタイ。まあおめでたい日なので、暖色系のコーディネイト。最近のわたしはオレンジ系を好んで着ている。隣のラボの女性とボスがコーディネイトを褒めてくれた。


 久しぶりに引っ張り出したチノパンはシワシワだったので寝押しを試みたのだが、あんまり効果がなかった。今思えば、デラウェアのアパートを引き払うときにアイロンとアイロン台を捨ててきたのはちょっと失敗だったか。でもあのときにはクルマに入りきらなかったんだよね。


 ちなみにこれでアメリカで結婚式に参加したのが4回目となる。デラウェアで1回、モンタナで2回、そして昨日で4回目。基本的な流れはまあだいたい同じ。教会でセレモニーを30分ほどしてから、レセプション(披露宴)となるわけだ。ところでレセプションでは同僚とその旦那さんの写真のスライドが流れ続けていたんだが、途中で去年だったかChicagoの学会に行ったときに立ち寄ったミレニアムパークで撮ったワタシとワタシの妻、そしてその同僚ともう一人、別の同僚の写真が上がっていた。


 よく考えたら日本も基本的には同じだな。大学の同期が結婚したときにセレモニーから参加したが、こんな感じだった。違いと言えば、日本の場合は2次会があるってことかしら。


 まあ家にたどりついたら8時過ぎ。ベットでゴロゴロしながらプレゼンについて考えてたら、眠ってしまったのである。

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【2013/08/25 10:53】 | 生活
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 Mぽんが一時帰国したので、昨日からひと月の独身生活が始まった。そんな彼女は今朝、何事も無く日本の実家の着いた模様。


 さてここからジョブサーチ、本腰いれないと~、と思っている矢先にボスが月曜レポートのことで近寄ってきた。まあ詳しく書くと愚痴になるので、追記の方に書いておく。


 今日は、昨日仕込んだPCRで得られたコンストラクトを形質転換させてプレートにまいたものの確認と先週、得られたコンストラクトのシークエンス、そしてピノリンを使った速度論の続きだ。あと来週から精製するために疎水カラムをイオン交換水で洗浄中。これは最低、30リットル洗わないと界面活性剤をレジンから除ききれないので、タンパク質がうまく結合しない。だからこの洗浄はワタシの確立したプロトコルにおいて重要な過程である。


 今週末は同僚の女性の結婚式に参加する。だから土曜はプレゼンの準備にあまり時間を割けそうにない。


 月曜レポートは2つのトピックを提出。一つは精製の結果と、もう一つはこの間触れたピノリンの基礎的な速度論データ。その後者のデータに食らいついてきた。


 まずピノリンはすでに期待の速度論的挙動を示さないことがわかっているので、ボスはもう興味を失っていた。しかし、ワタシとしては今後のプレゼン(特にジョブサーチの)のために試した基質の基礎データは取っておきたかったので、滴定による解離定数の決定および基質濃度依存をまとめてレポートにしたというわけ。そーしたら、時間のムダだからやるなと言うわけだ。


 もちろんほかにやることがあれば優先するのはやぶさかではない。しかし現状、ボスの言うシトクロムb5とP450の相互作用に関する研究はうまくいっっていないと言って良い。ボスはプロポーザルでこのシトクロムb5に対するワタシが扱っている酵素の非感受性はすべてのP450に共通のスレオニン残基の隣にある酸性アミノ酸の欠如にあると仮説を立てていたのだが、この酵素上の対応残基をグルタミン酸にミューテーションしてやると、活性が大きく下がるのである。それどころか、疎水場のただ中にグルタミン酸を導入したので、精製段階で非常に不安定(=簡単に昇温でP420になる)になってしまった。この時点でボスのたてた仮説を支持する材料は無くなったわけだ。


 またシトクロムb5によるP450活性の阻害作用が定常状態下での代謝反応で観測されたので、この阻害反応の律速段階を同定するためにストップドフローを使った速度論分析を行っていたのだが、これも6月にぶっ壊れたままで直っていない状況だ。これは英国の会社の装置なので、向こうのサポート曰く、こちらに送り返してくれとのことだったのだが、ボスが執拗に化学科の電気工作室で直してもらえというから、そっちにみてもらっているのだが、未だに直っていない。


 まあつまりボスの言うところの興味を満たすような実験はすぐにはできないというわけだ。そういうわけでこれまで食い散らかしたデータをきれいにまとめようとしていたのである。


 むかつくのが、以下の言い回し(忘れないようにココに記しておく)。

ボス "I am not interested in this, so don't waste time. You need to purify more protein."
ワタシ "I am interested in this. Please tell me why we need to have more protein, 'cause I do have enough amount of protein for at least stopped-flow."
ボス "I'm not interested. If you don't listen to me, you need to leave here because you are paid."
ワタシ "Please give me the answer what experiment you are exactly expecting, because I'm not gonna listen to you as long as you say, 'you need protein. I need to know what plan you are thinking."
ボス "You need to purify protein using the method which you have recently developed."


 本来なら、金はらって雇ってるんだから、言われたことしかやるなんて...こんなこといっちゃいかんよね~(昔、日本でおんなじことを言われたことがあるが)。ほかにもいろいろとやるべきことをボスが言ってくる。しかしその言ってくること、ほとんど終わらせているんだな。例えばpH依存性を見てみろとか言われたが、すでに3ヶ月前の月曜レポートで報告しているというと、パブリッシュできるじゃない!とトンチンカンなこというし、シトクロムb5存在下での定常状態条件、基質から生成物へのコンバージョンとか確認しろと言われたのだが、これも数ヶ月前にやっているのでデータを提示すると(要するに覚えていないか読んでない)それを見てまた黙って考え出すし...


 まじめにアタマが痛くなってくる。しまいには結晶学者の同僚と結晶構造を見て、どこをミューテーションすればいいか考えてみろとか言い出すんだが、これこそトライアンドエラーのような気がするんだわ。考えてうまくいくんなら、上で触れたミュータントでうまくいくはず。それをミューテーションの場所を議論してから、コンストラクトを作れなんて、それこそ時間の無駄だ。コンストラクトを作るのにシークエンスまで調べるのを考えれば1週間もあればできる。だから人海戦術的にやった方がまだ効率が良い。まあ個人的にはミュータントをつくりまくって調べる実験なんて前時代的だと思うけどな。


 まあ今日あった出来事に対する備忘録である。



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【2013/08/21 21:04】 | 研究
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blog_0818_2013_00.jpg 昨日のパーティでの一幕。Mポンに今の仕事はやりがいがあるかどうかワタシのボスから聞かれている最中に、ボスにワタシから「彼女はすでに2つの草稿を書き上げている」と言ったら、大変すばらしいと言うと同時にワタシの仕事もすでにドラフトができていてすぐにでも投稿できるような口ぶりだった。まあ、その前に妻の隣に座っていた同僚とボスとのやりとりで、同僚が草稿の進捗状況を聞いたことに対して、ボス曰く「今朝はトマトをファーマーズマーケットで買ってきたから、論文に関しては進んでいないのよ」と言われ、同僚が苦笑していた。なんか小学生の夏休みの宿題を忘れたときの言い訳みたいなこと言ってるんだから、妻に言ったくだりは言うまでもないのである。ワタシの隣に座っていた別の同僚は”Good Job!"と笑っていたがね。


 今日はかねてから考えていたブルーベリー狩りに出かけることにした。昨年も行ってきたんだけど、本ブログで触れてないんだね~


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ブルーベリーフィールド!午前中に辿り着いたので、キオスクにはだれも居なかった注意書きにはどのへんがたくさんあるとか、値段の一覧表とか



 朝起きて、直ちに出発することにした。午前中に行けば日差しも強くなくて、涼しい内に取れるということでね。でも誤算だったのが、今日、日曜日はお昼から開店だったみたい。キオスクには誰も居なかった(正確にはオヤジがブルーベリーの重さを量っていたので、この畑の関係者かと思ったんだが、どうやら客だったみたい)。でも入り口には"OPEN"の文字があったんだが。まあキオスクをよく見るとバケツや秤、小銭の入った缶(お釣り用?)、価格表や取れる場所などの書かれた張り紙(1ポンド、1.75ドル)があったので、時間外はセルフサービスっぽい。


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まずはじめはこんな感じブルーベリーの樹が規則正しく並んでる間を進みながら、ブルーベリーを摘んでいくのだ



 ブルーベリーの樹は大人の背丈くらい。だから一番高いところにある実は子供には届かないね。それに結構、枝のボリュームがあるので、藪をかき分ける要領で幹近くの実を取っていく。その辺はあまり摘まれていないから、大きめのブルーベリーがあるわけだ。ちなみに樹は丈夫みたいで、枝を押し分けても折れることはない(というより、枝が丈夫なのであまり熱中するとひっかき傷ができたりする)。


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たわわに実っておるのじゃ今年はちょっと小ぶりが多かったような...でも、あるところにはあるのじゃ



 とりながらちょっとは食べたりするわけだが、ブルーベリーはイチゴと違ってたいてい甘い。ただ太陽光に照らされ続けているのはちょっと水分が少なめになっているものもある。たとえば写真のように表面がちょっと白っぽいのとかね。濃い青のヤツは、みずみずしくてうまいのじゃ。


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この辺で今日はおしまい1時間半ほどストロベリーフィールドにこもっていたのでちょい疲れ目収穫量は4ポンドちょい(2キロ強)だった



 えり好みをしていると結構、なかなか取れない。まあそんなわけでバケツ一杯にはならず。子供とか居ればもっと貪欲に取りそうだが。


 ここは結構、田舎にあるんだけど(未舗装路をけっこう走る)、私たちが居る間にも3組以上の日本人のご家族がお見えになっていた。まあ子供たちにとってはとても良い情操教育の場なんだよね。もちろん日本人だけじゃなくて、アメリカ人のご家族も楽しそうにブルーベリーを摘んでいたから、地元民にとっても人気スポットの一つなんだろう。



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【2013/08/18 20:11】 | 生活
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blog_0817_2013_00.jpg 今日は夕方からボスの家でパーティ。年に一度の恒例行事である。ポットラック(持ち込み)形式なので、Mぽんとともに何を持って行くか午前中は画策した。



 さて5月の半ば頃にHollandというミシガン湖ほとりの街のチューリック祭りを訪れたことは、以前のエントリで触れた。その際に、Hollandにあるブルワリ、New Holland Brewing Companyを訪れた。











 Hollandにはリベラルアーツの名門校、Hope Collegeがあり、この街の中核をなしている。まあ典型的なカレッジタウンであるとともにチューリック祭りで賑わう観光地でもある。だから治安はきわめて良いのだろう。


 ブルワリはこの町の目抜き通りの真ん中らへんにあり、集客力の良さそうな立地である。この日も非常に寒かったにもかかわらず、たくさんのお客で潤っていた。


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実働しないと思う醸造器メニューはこんな感じ手前はWhite Hatter Belgian Ale、後ろはSmashley Pale Aleである



 ビールであるがWhite Hatter Belgian Aleをまずは注文。透明な黄金の液体である。味はホップの苦みと柑橘類のさわやかさがマッチしていて美味しい。Smashley Pale Aleの方は飲み口は飲み易い印象だが、後味がちょっと苦め。最初のBelgian Aleよりも少し苦く感じた。



 ここのビールはボトルで流通しているミシガン内ならば確実にストアでお目に掛かることができる。ただブルワリで飲むオンタップのビールとボトルビールでは同じ種類のビールでも味が違うので、機会があれば是非、訪れたいブルワリの一つだ。


 ちなみにはわたしはといえば、この日はホントーに寒くてちょっとお腹の具合が良くなかった。もっと温かい日に再び訪れたいものである。



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【2013/08/17 21:45】 | ブルワリ
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 昨夜は帰宅して夕食を食べたらすぐに寝てしまった...ちょっと職探しをしようと思ってたんだけどね。どうも潜在的な疲れがあるようだ。ところで昨日の帰りは妻に迎えにきてもらったんだが、帰宅途中の道で新しいバス停が設置されているのを発見!そして、ふと気がついてしまったのである。いつも使っているルート22のバスルートが変更になるというお知らせが春先にあったのだが、これが秋から実施されるのかと。こうなるとウチのアパートから22のバスに乗るのが格段にメンドーになるのだ。一度、ルート4のバスに乗ってどこかで乗り換えなければならない。○A○A、カスタマーのフィードバックを完全に無視したな...


 最近、暗い話題が多いので、ここでちょっと気分転換。妻がAndroidで購入したR-TYPEにはまっているようで、Nexus7でプレイして5面の巨大ムカデのステージまで行くようになっておりびっくりしている。あのインターフェイス(画面上に表示されるコントロールボタンで操作)でよくうまく操作できるなぁ。


 さてR-TYPEとは?と疑問に思われる方も居られるかと思うが、このゲーム、ワタシが高校生の頃にゲームセンターで人気だった横スクロール型のシューティングゲームである。当時、おどろおどろしいグラフィクスとかなり高い難易度、溜め撃ち(波動砲)による初期状態における自機の攻撃力の高さ(ミス後において、丸腰になっても十分にリカバできることを意味する)、フォースシステムを採用した斬新なパワーアップ法はゲーマーの間でかなり話題になっていたと思う。


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 ゲーセンでもよくプレイしたものだが、当時、やはり持っていたPCエンジンに(wikiによると)リバースエンジニアリングで移植されていたので、家でもよく遊んでいた。特にこのPCエンジン版のR-TYPEはアーケード版(ゲーセン版のこと)に忠実に作られていたので、エンジン版の攻略法がそのままアーケード版に適用できた。だから当時、なかなかの難易度だったR-TYPEで後半ステージまでゲーセンでプレイしているとギャラリーが集まってきたものである。(えらそうなこと言ってるけど、私は最高で第7ステージまでしか行けない。師匠は2週目までクリアしたらしいが...)


 ゲーム内容は、まあありがちなんだが、「人類の脅威となるバイド帝国を破壊せよ」ということでR-9(自機)を使っていろいろなステージ(全部で8ステージあった)を攻略していくというもの。各面(6面を除く、ただしPCエンジン版は6面にオリジナルボスがいる)の終わりにはボスが居て、それを倒すと次のステージにいけるというもの。プレイを始めて最初に難しく感じるのは背景(地形とか)に自機の操作ミスでぶつかってしまうこと。妻もよくぶつかっていたので、ワタシと同じ道を歩んでいる模様。それが慣れてくると、今度はフォースユニットとのドッキングとか弾除けとかが次の課題となる。


 ステージごとに多彩な仕掛けがあったのも人気の秘密だったんだろうね。たとえば3ステージには画面いっぱいに巨大戦艦が迫ってきたりとか、4ステージでは障害物を落としていく敵や、5ステージとかもムカデみたいなのを倒すと胴体が複数にわかれて迫ってきたりとか...


 そんな懐かしいゲームのアンドロイド版がセール中だったので購入したのだが、あまりの操作性の悪さで放置してた。そんな中、ふと気がつくと妻が熱中しているではないかね。そういうわけで、もうちょっとちゃんとした環境でプレイしたいなと思い、XBox360版を買ってみた。これは2人同時プレイやら3Dバージョン、そして続編のR-TYPE IIが含まれるパッケージである。こちらも完全移植なので、昔杵柄取ったとでも言おうか、ちょちょいのちょいとプレイして妻にかっちょいいところを見せてやろうと思ったわけである。のだが、20数年の年月は容赦ないねぇ。スタートして早速、地面に激突したナリ(´;ω;`)ブワッ

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 さて昔のことはさておき、このR-TYPE、続編のR-TYPE IIに続き、スーファミでR-TYPE IIIが出ているらしい。こちらも難しいのだそうだが、あんまり記憶にないっていうか、スーファミ持ってたのに売ってたことすら知らなかったよ。そのあとはPSでR-TYPE Δ、PS2でR-TYPE Finalというのが出たらしく、これがシューティングゲームとしての完結編だそうだ。PS2のころはすでにゲームの興味を失っていたので、この作品の存在を知る由もないんだが、最近のMMD動画でエンディング曲を使ったPVを見てちょっと興味がわいた。もちろん自力でR-TYPE Finalのエンディングを見ることができるほどのウデはないけれどね。このPVを見ていると、昔見たアニメのモビルスーツとかが出てくるのだ。これは昔日に対する郷愁をかきたてているのかね?なんともいえないキモチになりました。



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【2013/08/16 10:44】 | ゲーム
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 ここのところここ、まだ8月半ばだというのにAnn Arborはとても涼しい。特に夜間は冷え込むくらいである。


 昨日、帰るときに研究所の出入り口でばったりショーンに出くわした。彼は台湾から来ている研究者でPsychiatry Department(日本語だと精神医学科になるのかな)で働いている。主に脳の研究をするということで、ウチの病院のMRI施設を利用するための手続きをしにきていたらしく、彼の新しく発行されたIDカード(研究所はカードキーがないと開錠しない)が機能するか調べてたらしい。帰りにクルマで送ってくれた。


 ショーンの同僚、というか彼の属する研究室には日本人研究者がおり、しばしば家族ぐるみの付き合いもあったのだが、最近、帰国された。変わりに新しい日本の方がいらっしゃるようだが、まだ会う機会に恵まれていない(2週間前にBBQの誘いをショーンから受けてたんだけど、ちょっと都合がつかず行けなかったのだ。どうもその日本の方は参加されていた模様)。



 さて今日は、昨日からやっているタンパク質変異体作製の続きと昨日、精製の終わったCYP2D6の分析をやっている。変異体作製でシングルミューテーションの方は順調にコロニーが育っていたが、ダブルミューテーションはあんまり...ちなみに使っているプレートはLB寒天培地で抗生薬は100ug/mLのカルベニシリンね。理由はアンピシリンより安定だからなのだが、この実験ではあまり関係ない。だからアンピシリンでも代用できる。ただウチにあるアンピシリンはボスがどこからともなく(たぶんメインホスピタルの薬局だろう)もって来るヤツなので、研究用グレードなのか不明。だから研究用のグレードであるカルベニシリンを使っている。


 ウチのラボでカルベニシリンを使う理由は培養に100時間超(!)かけているから。これは大腸菌の培養としては異常である。BL21(DE3)株なんかはIPTG投入後に4~6時間くらいで集菌するからね。ここではC41(DE3)株、巷ではWalker株と言われているものを使っている。膜タンパク質発現用に特化された株だそうだ。CYP2D6はこの株で発現させているんだけど、発現するのに平均で130時間前後かかる。だからより安定なカルベニシリン。さっきの変異体作製のほうはXL10-Goldという株を使っている。こっちはプラスミドのクローニング用。これのコンピテントセルの形質転換能が大変、よろしいのである。(昨日のエントリで-20℃のフリーザに保管されていたのが、このXL10 Gold株であるil||li _| ̄|○ il||l)



 午後からは精製されたCYP2D6の分析。電子スペクトルを測定して、高スピン型の割合を確認する。ついでに最近、使っているピノリンという試薬とたんぱく質の親和性を調べるつもりである。ナゼ、ピノリンが出てきたかというと、名前がカワイイから!ではなく、以前に使っていた試薬の誘導体だからである。以前に使ってた試薬は5-メトキシトリプタミン(セロトニンの先駆体。この化合物がアセチル化されたものがメラトニン睡眠サイクルに関与しているといわれている)なのだが、ボスはこの試薬の代謝反応における速度論的挙動が気に入らないらしく、他の試薬を探すように言われていたのだ。そういうわけで、いくつか試した試薬のひとつがこのピノリン。ビタミンEよりも強力な抗酸化作用をもつといわれているそうだ。


 5-メトキシトリプタミンが麗しくない速度論的挙動を示すことの仮設としては、この化合物の構造を見ると一級アミンがインドール環から突き出ている。この一級アミンはCYP2D6の基質に共通の官能基で、この官能基とCYP2D6の基質結合部位にある酸性アミノ酸が相互作用を起こすことで、適切な配向で基質がタンパク質に結合すると考えられている。一方、この一級アミンがヘム側に向いてしまうとこの官能基自身が酸化されてしまい、そのアミンが酸化されたものがより強く鉄中心に結合してしまう。結果として、阻害作用を示してしまうというのが、ある南部の大学の研究グループの仮説である。そこで考えました。このピノリンは代わりに二級アミンを持っているのですね。だから上のような仮説の副反応が起こりにくいんじゃないかねと。


 結果から言えば、このピノリンも5-メトキシトリプタミンと似たような挙動を示すのだが(大ハズレ)、こちらは解離定数とミカエリス定数を決めていなかったので、それを今やっている。言ってみれば、今までとってきたデータのまとめだね、いつでもここから出て行けるように。


 

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【2013/08/15 12:35】 | 研究
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 今日はアメリカでの研究について思うことを書こう。まず同僚やボスによるんだが、基本的には他人は信用できん。まず"should"を多用するヤツがいるが、そういう場合は大抵、言っていることに根拠がない。


 まあ突然、偏見からはじまったが、今日は朝からイライラすることがあった。まずタンパク質変異体を作るためのPCRをやろうとしたら、試薬がほとんど残ってなかったこと。特に核酸のストックがスズメの涙程度したなかったので、最初どうしようかと思ったわ。それにミューテーション用のコンピテントセルもほとんどないし...ナゼ、使い終わったらオーダーしないんだと思う。他にもバイオハザード用のゴミ箱には新しい袋を入れてないわ、自分のピペッターが行方不明だわ...基本的にここのラボわだらしがないんだわ。


 ところで早速、同僚が前回のエントリで触れたTCEPの場所を聞いてきた。昨日のミーティングでボスがワタシの結果をみんなの前で話したらしい(ちょっと忙しくて、ちょうどその瞬間は私は会議室に居なかった)。その同僚にはボスに伝える前にTCEPを使ってみたらどうかとは進言してあったんだけど、やっぱり鶴の一声がないとやらないんよねぇ。今日になって使ってみる気になったようだ。


 さて先ほどの使い切ったと思われたコンピテントセルは自分用に別個に隠しておいたストックがフリーザーのアイスの中から発掘されたので、とりあえず実験を先に進める。ただ話によると、コンピテントセルを含む試薬はオーダーしたというのだ。そういうわけで、秘書のヒトに注文番号を元にベンダーに問い合わせてもらった。そーしたらもう配送したとか。そんで今度はVAの方の関連部署に連絡を取ってもらうと、どうやら隣のラボにドロップしたらしい。もう2週間も経つのにね...そんで隣のラボに聞きに行ったら-20℃のフリーザーに保管されていた。ああ、コンピテントセルがぁ...(コンピテントセルは通常、-80℃で保管する)まあ、形質転換能は下がっているだろうねぇ。そういうわけで、新たにキットをオーダーすることにしたんだが、その前回、使いきりやがりました同僚がコンピテントセルだけオーダーすればいいといいだした。ポリメラーゼとかはまだ使えると。(そんなことは百も承知だし、だれも捨てる気は無いし、自分のコンピテントセルで使うしぃ)だんだんメンドー臭くなってきたんで、そいつの意見は却下。つーか意見があるなら自分でやれ(カタログ番号や値段の確認、在庫状況とかね)と、若干イラっ★っとしたんで、キット丸ごと注文した。


 今、ミューテーティドプラスミドを使って形質転換中。6時半のバスに乗ろうと思うと結構、ギリギリだな。

 
 最近のブログの内容、改めてダークだなぁ...

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【2013/08/14 17:15】 | 研究
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 今日も一日、無駄な労力にエネルギーを費やす。まっ、最後のカラムを流してタンパク質の精製は完了なんだが、コイツをナニに使うつもりなのか指標が一切見えてこない。もちろん個人的にはいろいろと思うところがあるんだが、ボスが悉く否定するのじゃ。まあ、勝手にしていただこうじゃないかね。こちらも勝手にミューテーションプライマー、注文したからね。


 さてネットでちょっといい感じのサイトとそのブログパーツを見つけた。ゲームメーターといいうサイトで以下がブログパーツ。


cooyouの今やってるゲーム



 ナニがいいのかといえば、過去にプレイしたゲームをマイページというところでデータベース化できることだ。以前にここで触れたことがあるが、私は高校時代から大学にかけてゲーマーだった。特にPCエンジンやメガドライブのゲームを収集していたものである。そういうこともあり、ふる~いゲームをみつけてはデーターベース化する際には、いろいろと昔のことを思い出してちょっとしたノスタルジぃに耽ることができる。


 上のブログパーツでは現在、ファイナルファンタジー3(FFIII)がプレイ中のゲームとして表示されているのだが、今、やっているのはDS版ではなくアンドロイド版だ。こっちのGoogle Playで購入してNexus7でやっているんだが、英語版なのでちょいとやりにくい。ちなみにワタシはFFIIIを未プレイであった。だって中学のときはファミコンもってなかったからね。その代わりに友達がプレイしているのをじっと眺めていた記憶がある。だからなんとなくやってみる気になったわけ。グラフィクスとか格段に綺麗になっているんだけど、昔のFFの雰囲気がよく出ている。まあ気長にこんぷりーとしてみます。


 

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【2013/08/13 09:50】 | ゲーム
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 モンタナ時代のNSFの予算が今年終了したようなので、その最終レポートの草稿を書いてくれと前のラボのラボマネから連絡がきた。このNSFのプロポーザル、2007年ごろだったっけ?非常に苦労したなぁ。年が明けて間もないときにボスのオフィスで午前2時くらいまで頑張っていた記憶が...なんども推敲と精読の繰り返しだった。こんなのはD論以来だったな。そのプロジェクトもとうとう終わりである。最近、卒業したらしい日本人の学生もラボを去り、ボスは別の大学に移り、研究室自体が閉鎖となる。なんでも新しいファカルティもきまったとか(ワタシもアプリケーションだしたんだけどね...)。まあ思い入れの深いプロジェクトだった。そういうわけで、土日かけてこの最終レポートを仕上げたんだが、もう2年前だからなぁ、モンタナを去ってね。意外と忘れている。しかも、もう一報、ここからの論文を書かなきゃいかんのだが、このままで大丈夫なのかと一抹の不安が...



 さてネタがないので引き続き研究の話題でも。休暇が終わってからタンパク質の精製をしている。相変わらずstopped-flowがぶっ壊れたままだからね。ワタシのターゲットはCYP2D6。市販薬の約3割を代謝すると言われている酵素である。主に我々の肝臓で生産される酵素なのだが、ウチでは他と同様に大腸菌で発現させている。C末端側にヒスチジンを4つつけているのだが、Niカラムだけでは満足のいく純度が得られない。そーいうわけで、Niカラムを含め5つのカラム(+硫安沈殿)を使って精製している。



 このCYP2D6だがタンパク質表面に5つのシステインが露出している。これの意味するところは、生成中に空気中の酸素によってシステインのチオール基が酸化され望んでいないジスルフィド結合を形成してしまう可能性がある。特に分子間でジスルフィド架橋が出来上がれば、析出の危険性もはらんでくる。


 これまではベータメルカプトエタノールというちょっと臭い試薬を使っていた。これはジスルフィド結合を還元する生化学では定番の還元剤である(ジチオスレイトール、DTTを使わない理由は、これはキレート効果があるのでNiカラムからニッケルイオンを取り除いてしまう可能性があるため)。ただこのベータメルカプトエタノールの問題点はタンパク質上のシステインとジスルフィド結合を形成する可能性があるということ。まあこういった修飾によるタンパク質の反応性への影響は未知数なんだけどね。


 この潜在的な問題点を解決するために、今回はトリス(カルボキシエチル)ホスフィン、TCEPという還元剤を使ってみることにした。匂いもないし空気中でも比較的安定である。ホスフィンといえばよく酸化反応の基質とかでつかうし、錯体化学だと配位子として使うよね。デラウェアで使ってたトリメチルホスフィンとかなんともいえないいや~なニオイがしていたんだが、このTCEPは無臭である。


 で、このTCEPを使った結果、意外とイイ感じ。自分のウデが上達したのか、このTCEPの寄与かわからんけど、少なくとも収量は以前よりも上がっている。さらに純度の指標となるspecific content(ヘム分子のモル数/タンパク質グラム数)が理論値、18nmol/mgに迫る値を示した。これはヘム分子がタンパク質分子あたりにどれだけあるのかを示しているのだが、18nmol/mgというのはタンパク質1分子あたり1つのヘム分子を含むことを示す。つまり得られたタンパク質溶液中にはアポ体(ヘムを含まないタンパク質)がほとんどなくホロ体(ヘムを含んだ機能するタンパク質)のみで構成されているというわけ。


 といわけで、今週のレポートのネタには事欠かないわけである。



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【2013/08/12 10:22】 | 研究
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 今日は月に一回あるヘムチームミーティングに出席。このヘムチームミーティングというのは主にミシガン大学の研究者がcytochrome P450の研究について発表する場だ。今回はちょっと珍しく、外部からのスピーカー。オーストラリアのMonash大の教授がスピーカーだそうだ。おおまかにいってQCM(Quarts Crystal Microbalance、水晶発振子マイクロバランス)という微量検出分析を応用したタンパク質の相互作用の研究みたいなもの。昔、別件で聞いたことのある分析法だが、P450で使っている人がいるんだね。


 講演には結構、化学科からも来ていたのと、金曜会の知り合いの人も来ていた。なんでも性ホルモン関連で講演者の研究とちょっとかぶっているとか。性ホルモン、アンドロステロン誘導体の生合成はシトクロムP450 17α(CYP17A1)が関与しているからね。


 ウチでも同僚がCYP17A1の研究をやっている。発現量とかは問題ないんだが、精製過程でどうやら分解しているみたい。だから最終精製収量が発現量にたいしてあんまり高くない。同じヒト由来のタンパク質でワタシのやっているCYP2D6とはずいぶん違う(こっちは発現量があんまり高くないけど、精製プロトコルを工夫したおかげで収量はそんなに悪くない)。


 まあいろんな分野のヒトがP450をやっているということですわ。



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【2013/08/11 18:39】 | 研究
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blog_2013_0805_00.jpg 昨日はMぽんの友達のガビと彼女のだんなさん、リードの家にブランチを招待してもらったのでお邪魔した。先週もワタシだけ(Mぽんは体調が悪くてダウン)夕食のお呼ばれしてもらったので、彼らとは結構な頻度で会っていることになる。まあ先週のはUP旅行中はほとんど日本語しか話さなかったことに対するリハビリを兼ねてたんだけどね。


 UPからの旅の帰り、Gayloadという町でブルワリを見つけたので立ち寄ることに。

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ステーキハウスとも書かれていたので、ちょっと高級なレストランって感じ内装は例によって中西部や山間部を連想させる結構、大規模な醸造施設が併設されていた



 ブルワリの名前はBigBuck Brewery and Steakhouse。こちらの感覚では高級な雰囲気。お品書きもよく行くようなブルワリよりは高めな印象。にもかかわらず、ジーパンだったんだけどね。


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Redbird Aleというヤツを注文フレーバービールのサンプラーを3つほど



 いや~、のど渇いたからねぇ。ビールがうまいったら!日差しも強かったので、ちょっと外のパティオで飲むのもアリかと思ったんだが、ちょっと涼しい気候になってたので、店内で食事とビールを楽しんだ。


 なんかでっかい駐車場で、立派なレストランなんで、相当数の顧客を見込んでいるのかね。まあハイウェイ沿いにでっかいビール瓶のモニュメントがあるから、わかりやすいってのもあるよね。




 というわけで、夏の休暇の旅はおしまい。もう日常のただ中にいるわけだが、もうちょっとココロの洗濯をしたいものである。また近郊の公園でキャンプでもしようかね?


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【2013/08/05 19:11】 | ブルワリ
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blog_2013_0804_00.jpg 超どーでもいんだが、久しぶりに某MMO(ネク○んって会社が主催)のアカウントにログインしたらポイントが全部消去されていた。なんでも1年前に有効期限を過ぎたんだとか。告知メール受け取ってないんだがな。さらにパスワードを変更後に再ログインしてもできないってどーゆーことよ。しかもクライアントソフトからサーバーにアクセスできないわで、なんかどーにもできないって感じだ。海外からのIPをフィルタリングしてるんかね?


 さてスペリオル湖畔でのキャンプ&ハイキング生活も最終日だ。Chapel Beachのトレイルから戻ってきてから、ちょっと余力があったのでもうちょっと西にあるMiners' Castleに立ち寄ることにした。

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特徴的な岩、Miners' Castleであるスペリオル湖を臨む色合いがきれい



 余力があるっていってもタダ単にクルマで30分ほど移動しただけなんだけどね。Miners' Castleの駐車場から岩はすぐに見ることができる。近郊のMunisingからクルーズができるらしく、海側からこれらの岩を臨むことができるらしい。この日は風と波が強かったからね、クルーズできたかどうか。陸側から眺める光景で自分は十分に魅力的だと思う。


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キャンプ場に戻ってきたら、すでに夕暮れスペリオル湖の水平線に沈みつつある太陽が印象的である



 キャンプ場に戻ってきたら、すでに日が暮れようとしていた。Mポンが防寒着を着ているのは、風が強くて寒かったから。UPは夏なのに本当に涼しいのである。まあこの日が特別、寒かったのかもしれないが。まあ旅の終わりを象徴するようなきれいな夕日である。


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【2013/08/04 09:17】 | 国立公園めぐり
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blog_2013_08_03_00.jpg 引き続きUPへの旅の続き。前日の日暮れくらいから始まった豪雨は夜半になっても続いていた。最初はテントの中は蒸し暑くって寝袋を広げずに眠っていたんだが、深夜頃、急激に冷え込んできた。あんまりに寒くて目覚めたくらいだ。そのころも雨はしとしと降っていたみたいだ。


 さて朝方になりテントのそとを見ると濃い霧が出ていたな。それにとっても寒くって、寝る前はタンクトップだったのが、テントから出たときはモコモコの防寒着を着ていた。まあ湖畔の気候をなめてました...そんなこともあり、ちょっとこの日は体調が悪かった記憶である。一応、Chapel Beachへの往復6マイル(10キロ弱)ほどのトレイルを歩く予定だったので、トレイルヘッドまで向かうことに。


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ここから始まり始まり道は所々、ぬかるんでいる雨上がりの使者ってヤツ



 トレイルヘッドまでは5マイルほどの未舗装路をクルマで行く。あんまり行き交う自動車がないので、トレイルヘッドはひっそりしているかと思いきや、結構な数のクルマが止まっていた。ワタシはと言えば、ちょっと朝から調子が出ないので、景気付けにレッドブルブルーベリーを飲んだ。


 さてトレイル内に入ると昨日の雨のせいなのか、道が所々、かなりの頻度でぬかるんでいる。時には水没しているくらいだ。われわれの靴はトレイルランニングスタイルなので、通気性が優先されており、ぬかるみを歩いたらたちどころに浸水する仕様だ。だから水没地帯を迂回しつつ進まなければならない。そんな中、カエルが道に沿って跳んでいるのを見つけた。ちょっと珍しいよね、カエル。モンタナだとシカとかリスなどの小動物をよくみたものだが、ここではカエルである。


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Chapel Fallsに到着である滝を左右から



 さてトレイルヘッドから1マイル(1.6キロ)ほど進むとChapel Fallsという滝に辿り着く。滝はChalep Lakeに注ぎ込む渓流が形作っているみたいだ。実際、このトレイルはChapel Lakeを周回するように進んでいる。しかーし、湖はほとんど見えないんだ。というのは、あとでわかったんだけど、湖はかなりトレイルから見て低地側にある。だから滝もそれなりの落差であった。


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待望のChapel Rock結構な強風がスペリオル湖から吹くそんな中湖畔で戯れている元気な人たち
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湖に流れ込む茶色い水砂浜に降りる階段砂浜からスペリオル湖を臨む



 Chapel Rockにたどり着いたころにはちょっとワタシはグロッキー状態であった。特にスペリオル湖から吹く強い風はちょっと微熱気味の身体にこたえたかな。それでもMぽんが作ってくれたランチをビーチそばにあるキャンプサイトを拝借して食べると、かなり元気になったんだが。


 Chapel Rockから眺めるスペリオル湖もなかなかの壮観である。やっぱり海だよ、これは。なんか風も生臭いし。ただ河口を渡ったんだが、ここの水も先日、訪れたタクアメノン滝と同様に茶色かった。このタンニンが溶け込んだ水なんだが、こいつもちょっと生臭い。たぶん、この水(ブラックウォーター)の影響もあるんだろう。まあスペリオル湖は大西洋からオンタリオ湖、エリー湖、ヒューロン湖、ミシガン湖を経てつながっているらしいから、潮のにおいが混ざっていても不思議ではないがな(でもスペリオル湖は一番、標高が高いから、海からの海水の流入というよりも、何千も行き交う船舶にこびりついたナニか由来かね)。


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Little Chapel LakeというらしいこちらがChapel Lake到着である、マジつかれた...



 さて帰りである。帰りは行きのトレイルとは別のChapel Lake側を回るルートを歩く。スペリオル湖畔は風が強かったんだが、ちょっと内陸にあるLittle Chapel Lakeは打って変わって静かなものである。ここあら2.7マイルの道のりを駐車場まで向かったんだが、途中でChapel Lakeが見えるところまで来て、少し長めの休憩を取った。そのころには熱っぽさも引いてきたんだけどね。しかし、ビーチからここに来るまで人っ子一人にも出会わなかったのが、一抹の不安を与える要素だな。これがモンタナだとありそうなんだが、ここはミシガンなんだよね。まあクマが出ないだけましであるが。


 行きと同様、水没地帯に四苦八苦しながらなんとか駐車場まで帰還。疲れたけどよいリフレッシュであった。ココロの毒素が洗われた一日である。


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【2013/08/03 12:16】 | 国立公園めぐり
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 まったくモチベーションがあがらん!休暇ボケで説明がつかないほどだ。まあ理由は心当たりあるんだけどね。そんな感じでもう週末。一週間経っちゃったよ。

 
 今週は水曜日までは休暇の影響かココロの平穏を保っていた。のだが、週の後半戦でだんだんイライラが募ってきた。まあワタシも悪いんだけどね。とある共同研究者に送ったメールの内容(ウチのコンストラクトにコードされているタンパク質のアミノ酸配列)でボスが文句を言ってきたんで自分が悪いと思い謝ったんだが、いい加減何度も言うからウザくなって言い返したわけさ。まあワタシが送った内容がコンストラクトの全塩基配列で、そのなかで開始コドンと停止コドン、プロモーター配列にSD配列をハイライトしただけのものだったのだ。ボスは先方がそれじゃわからないから、アミノ酸配列を送れとしつこかったわけだ。まあアミノ酸配列と言われつつ、間違って塩基配列を送ったのはワタシに非があるね。それは謝って後でアミノ酸配列を送ると言っているのに、しつこく言い続けるので、いい加減頭にきて言ったんだわ。「科学者である限り、開始コドンも停止コドンもわかるんだから、自分で塩基配列からアミノ酸配列に翻訳するのなんて簡単にできる」とね。そうしたら聞く耳持たんって感じでプイと向こうへ行こうとするわけ。まったくガキみたいだな。耳障りの悪い言葉は聞きたくないってか。


 ことの始まりはある大学の教授がウチのコンストラクトを譲ってほしいといったことによる。理由は先方のコンストラクトの発現量が極端に低いため、精製がうまくいかないためだ。そしてウチのコンストラクトは大量発現するので、あっちの研究目的にも合致するだろうということだ。その時点でワタシが懸念していたのが、ウチのコンストラクトにコードされているP450というタンパク質は3ヵ所のミューテーション(もちろん3つの変異アミノ酸の位置を添えて)があるので、それで問題がないかとワタシが共同研究者に確認を求めたことだ。そして先方の判断としてはちょっと使えないという結論だったのだ。


 それをウチのボスが途中で割って入ってきて、くだんのP450はミューテーションが入っているのが普通であり、そっちのP450も変異座があるかもしれない。だからウチのそれとあんまり変わらないかもしれないから、使えないと断じる前にアミノ酸配列を比較・検討すべきだと。自分としては向こうはこっちのタンパク質のアミノ酸配列は知らないだろうから、その情報を送ったわけである。さらに言えば、ボスによるそのアミノ酸配列の比較というアドバイス自体も先方としてはいらぬお世話だろう。先方が持っているコンストラクトにコードされているP450がどんな配列なのかワタシは知らないし、ウチのP450がむこうの研究に使えるかなんてのも先方の方がずっとよく知っているだろう。


 なんども言うが、むこうの研究なんだから向こうが合わないと言ったならそうなんだよ。それをアミノ酸配列を比較しろと向こうの教授に言うのはどうなのよ。個人的にウチのボスが送ったメールは先方に対して不躾だと思う。と同時に、自分としてはそんな無駄なことに時間をかけるよりも別のことを検討したほうがいいと思い、手元にあるファイル(塩基配列)を送ったわけだ。暗に先方に対して「こんなことやる必要はない」という意味をこめてな。


 ところで個人的にウチもそのミューテーションを野生型に戻したコンストラクトが将来必要だと思いボスに相談しにいったんだが、その本題に入る前に上述のやりとりで結局は本題(コンストラクトを作る許可)にならなかった。もう壊滅的である。


 そんなやりとりの後、ワタシの同僚とまたボスが口論になった。そんで自分の意見が通らないと、ワタシのときと同様にやっぱり聞く耳持たないって感じで部屋から出て行ってしまった。マジで価値ないよ、ここに在籍していること。なんだこのボスは?って感じです。


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【2013/08/02 08:13】 | 研究
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