米国けんきゅうにっき 計算化学と実験化学の軋轢
学位取得後、研究者として米国へ。このさきどのようなことが待ち受けているのでしょうか?
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 さて最近は忙しい。何が忙しいのかといえば、グラントプロポーザル(日本で言うところの科研費)の準備のためである。先週から毎週、その対策ミーティングを開くことになった。まあ実験自体は私のパートは順調(?)なのだが、論文がなかなか通らないねぇ。つーか、ここで愚痴を一つ。

 同僚の計算の論文が通った(受諾された)わけであるが、同時期に出した私の実験の論文が蹴られた(落とされた)。まあ仕方のないことなのだけど、どうも不公平感は否めない。こっちはバクテリアを育てるのからはじめて、タンパク質の精製および同定、そして嫌気条件下(無酸素状態)での速度論の実験を行ってきたわけである。高いデータ精度を得るため、その測定回数はゆうに300を越えるわけだ。しかもタンパク質は一度使ったら再利用はできないので、また育成および精製から始めなければならない。それをこの2年で20回以上行ってきた。それに引き替え計算はどーかといえば、Zマトリックス(まあ計算機に入力する初期値みたいなもの)を作成(これですら現在はGUIで作成できる)し、あとは計算機のスレッドに放り込んで待つだけ。7日ほどつけておけば、計算結果が出るわけだ。これってどーなのよ?
 まあこれは概論だが、今回の場合はちょいと特殊なのだ。同僚の草稿、一度、リビジョン(なおして再投稿)が入ったのだが、初回と2回目の内容が全く異なるのだよ。それで2回目は審査員のコメントなしで受諾。これは科学としてどうなのかと思ってしまうワケだ。計算が毎回、異なる結果を与えるというのは学問として私は認められないね。それを実験でやったらねつ造だぜ。まあそんなわけだから、計算化学はまさにワタシにとって”机上の空論”なわけだ。

 計算化学をブラックボックス的に使うということには学問として納得しかねるが、計算化学自体の理論研究はアリだと思う。ただその数学(波動方程式とか変分法とか)を理解しているものたちのみが使うべきだと思うけどね。


 閑話休題。

 コンピューターの話題とゆーことで、ちょいと一つ。たしか以前に少しふれたと思うのだが、パソコンを自作した。米国では3世代目、自分の人生では6台目の自作だ。さすがにいろいろな作業(特にタンパク質構造の絵作り)にはPentium4ベース(Northwood)のCeleronでは厳しくなってきたので、新調することにした。さすがに前回の自作から3年近くたっているとかなり技術的な変化がある。ちょいと情報収集してから決めたのは、最近斜陽気味のAMDのプロセッサ、Athlon64 2xを中心とした構成とする。これは名前の通り2つのCPUコアを持っており、複数の作業に適しているものだ。ビデオカードも世代はAGP(accelerated graphic port)からPCI expressというスロット形式に移行した。これも最近、AMDと合併したATi製のRadeonX800系列のボードだ。
 その話しをSkypeを介して友人に話したら、やたらネットゲームを勧められた。でも米国の回線速度は遅いしなぁと思っていると、アパートのほうから高速回線のオファが来たのだ。(といっても3Mbpsだが......)そんなわけで契約して、ちょっとネトゲーをはじめてみることに......たしかにやってみて思ったのは、(これはあくまで一般論だが)よっぽど時間がないとダメだろうということ。ただ海外在住の人間にとっては日本の人たちと交流をもてるのでいいかもしれないね。

 と、そんななか新型のビデオチップの発表がnVidiaからあった。

NVIDIA、DirectX 10世代GPU「GeForce 8800」~1.35GHz駆動の統合シェーダを128基搭載

 なんだかカードが巨大だが、それ以上に消費電力がCPUより多い(100W超)ときたもんだ。これを買うのってゲーマーなのか?ニーズがよくわからん。ま~、そんなワケで今日はここまで~。

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【2006/11/10 05:10】 | コンピュータ
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