米国けんきゅうにっき 最近の我が家の食卓~その1
学位取得後、研究者として米国へ。このさきどのようなことが待ち受けているのでしょうか?
 2月も終わってしまうその前に一つでもエントリをあげておこうと思う。最近のできごとといえば、3月下旬にUtahのソルトレイクシティで開催されるアメリカ化学会で発表することになったことと、あとこの夏に名古屋で開催される国際学会に出席することが決まったことだろう。論文の方はCalTechの偉い先生に草稿を見てもらいコメントをいただいた。結果として不慣れな計算をすることになった。趣味としてコンピュータをいじるのは好きだが、仕事に使うのはちょっととまどいを感じる、というかもう抵抗を感じてしまう。だって入力値を設定したらあとはコンピュータ任せ。内部ではどのよーな演算が行われているのかは、デベロッパー頼みというわけ。これがホントーに学問なのだろうかと思ってしまう。そもそも計算化学を主体としている同僚の仕事の姿勢を見ているとイライラするから、その影響も大なのだろう。

 そんなことも言ってられないので、開発者の論文を読んで少しでもアルゴリズムを理解しようとするわけだ。今回のはいわゆるDFT(Density Functional Theory)ではなくて、タンパク質同士のドッキング計算なので、タンパク質表面同士の評価となる。まあそれでも様々な理論があるので、この辺は学問らしい。プログラムの内容自体は別として、まあこの辺はあんまり抵抗はないね。いろいろと孫文を読み、とりあえずフリーで提供されているBiGGERアルゴリズムとDOCKアルゴリズムを利用して計算させている。とくに後者はUNIXベースなので、Windowsで走らせるにはUnixエミュレータ上でソースコードをリビルドしなければならない。まあそういった作業を週末に完了させた。

 閑話休題。

 しばらくはブログの更新が滞り気味になると思うので、しばらくはMポンの作ってくれた料理をアップすることにする。

2009_0221_肉丼2009_0221_田舎そば2009_0221_カレー
牛肉丼田舎そば豚肉カレー


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【2009/02/22 10:35】 | 生活
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