米国けんきゅうにっき ミートソースパスタを作ったらうまかったの巻
学位取得後、研究者として米国へ。このさきどのようなことが待ち受けているのでしょうか?
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meatpasta_03012011.jpg 日曜日に作ったミートソース。ドリアの代わりにパスタにかけて食べてみたら、マジうまかった。ってゆーか、子供の頃に親に連れられていったデパートとかのレストランで食べたソレと同じ味がして、ちょっとのすたるじぃ。まあとにかく、改めて料理酒としてのワインのポテンシャルにカンドーした。

 まあそれはともかく、また東海岸の某大学(これまでとは別の大学ね)から推薦書の催促が来たので、早速、推薦者に推薦書を頼む。すばらしいことに3人ともこの2日のウチに先方に発送してくれた。ありがたいことである。彼らにはいつか必ず恩返しをしないとなぁと心に誓う。

 今日の実験。明日からまた青酸塩を使うので、今日はデスクワークに徹することに。まあ論文用にタンパク質と小分子のドッキングシミュレーションができないかと画策する。実は以前にUCSFのグループからDOCK6というアルゴリズムの使用ライセンスを受けていたんだが、以前の論文では使わなかった。そんで今回、使ってみようかと。

 基本的にDOCK6はUNIXベースで動作するプログラムなので、Windowsで動かす場合はUNIXのエミュレータ環境、Cygwinを使わなければならない。(以前にTinkerという分子動力学用のパッケージプログラムを使ったときに、配布されているバイナリコードでは分子量の上限を超えてしまったため、Robertの提案でこのTinkerを再コンパイルしたときにCygwin環境で実行した。ちなみに研究用途に限ってはTinkerの開発者はソースコードの改変を認めている)そしてそのときにDOCK6をインストールしたとてっきり思ってたんだが、その間にPCを新調してたんだな~。

 そーいうわけでCygwinから新規インストールである。この場合、gccなどのコンパイラやperl環境などもインスコしろとインストラクションに書かれていたので、そいつらもインストール。そのあとにDOCK6をmakeするんだが、その後にどうしてもDOCK6がちゃんと動かん、ってゆーか実行コマンドがシェル上で認識されない。make testでは最後の方でWindows関連のライブラリ読みだしのエラーが出ていたので、ホストOS(この場合、XP)に問題があるのかなぁ。そーいうわけで自宅のWin7環境でもちょっとやってみることにするんだが、家の2台とも64bitにしちゃったんだよね~


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【2011/03/02 20:54】 | 料理
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cooyou
使いこなすっていうのはどのレベルを指すんだろう。

ワタシは研究に必要だからあれこれいじっているけど、使いこなせているかは疑問。

もしちゃんと将来にわたり使っていくなら、やっぱり基礎から勉強しないとね。でもkoteくんは群論とかのハードル高くないっしょ?なら結構、すんなり学べるんじゃないかね。

まあがんばって。


kote
MDとかDFTとか使いこなしたいです。

そのうちUbuntuでNAMDとブラウニアンダイナミクスを頑張ります。

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2011/03/04(Fri) 09:29 |   |  #[ 編集]
使いこなすっていうのはどのレベルを指すんだろう。

ワタシは研究に必要だからあれこれいじっているけど、使いこなせているかは疑問。

もしちゃんと将来にわたり使っていくなら、やっぱり基礎から勉強しないとね。でもkoteくんは群論とかのハードル高くないっしょ?なら結構、すんなり学べるんじゃないかね。

まあがんばって。
2011/03/03(Thu) 10:01 | URL  | cooyou #-[ 編集]
MDとかDFTとか使いこなしたいです。

そのうちUbuntuでNAMDとブラウニアンダイナミクスを頑張ります。
2011/03/03(Thu) 08:34 | URL  | kote #6mhiDe5.[ 編集]
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